La Real Pragmática de 1768 establece la conservación de estos documentos en las Casas Capitulares y otorga la responsabilidad de custodia sobre los mismos a los escribanos de Ayuntamiento, la Justicia y el Regimiento de la cabeza del partido. Desde la promulgación de la Ley Hipotecaria de 1862, la custodia sobre los libros-registro de la Contaduría de Hipotecas del partido de Alcalá de Henares estuvo a cargo del Registro de la Propiedad de Alcalá de Henares, donde permanecen hasta 1978, año en el que ingresan en el Archivo Histórico de Protocolos de Madrid, de acuerdo a la Orden del Ministerio de Justicia de 14 de diciembre de 1957, fecha en que no pudo realizarse este ingreso por cuestiones de espacio. Los libros-registro de los partidos de Colmenar Viejo, Navalcarnero y San Martín de Valdeiglesias estuvieron custodiados por el Registro de la Propiedad de Galapagar con anterioridad a su ingreso en el Archivo Histórico de Protocolos de Madrid, el año 2010. La propiedad y custodia sobre estos documentos desde su ingreso en el Archivo pertenece al Ministerio de Cultura. En la actualidad, aunque mantienen la titularidad estatal, la gestión corresponde a la Comunidad de Madrid, a la que fue transferida por Real Decreto de 19 de abril de 1985.
Las Contadurías de Hipotecas, creadas por Real Pragmática de 31 de enero de 1768, son las instituciones a través de las cuales se normaliza en España un sistema para dar publicidad a las transmisiones de bienes inmuebles. Establecidas en todas las cabezas de partido, registraron inicialmente sólo las traslaciones de dominio de bienes gravados con carga o hipoteca, su liberación y su redención, para, posteriormente (por Real Decreto de 15 de junio de 1845), incluir también las de bienes inmuebles en propiedad o usufructo, arriendos y subarriendos, imposiciones de servicios y otras cargas sobre dichos bienes. Desaparecen con la promulgación de la Ley Hipotecaria de 8 de febrero de 1861, creándose los Registros de la Propiedad en su sustitución.