El deterioro general de la cripta histórica ha puesto en marcha un proceso de restauración cuyo objetivo ha sido la recuperación del espacio arquitectónico original y la subsanación de las patologías existentes. La intervención, dirigida por el arquitecto Juan Monjo, se configura como una restauración absolutamente respetuosa con el monumento. Las actuaciones se han centrado en el saneado de los revestimientos de los paramentos y bóvedas y su sustitución por un revoco de mortero a la cal para facilitar la transpiración.
El equipo formado por arqueólogos y restauradores se ha encargado de la documentación histórica del monumento y el control arqueológico. Entre sus actuaciones, cabe mencionar la realización de dos catas murarías aplicando la arqueología de la arquitectura, para estudiar los materiales arquitectónicos; o la limpieza interior y adecuación de los nichos que se encontraban rellenos de escombros, recuperando fragmentos de laudes (lápidas o piedras que se ponen en la sepultura).
Dicha actuación, financiada por la Real Congregación de Arquitectos, ha aportado información sobre las vicisitudes sufridas por este singular espacio a lo largo del tiempo y, gracias a ello, se han recuperado los acabados originales, simulando los sillares y zócalos que estructuraban y daban entidad al espacio.
Además, la apertura de los nichos permitió confirmar la presencia de los restos de los arquitectos Ventura Rodríguez, que presentaba una banda de seda con su nombre alrededor del cuerpo, y de Juan de Villanueva, cuyo féretro estaba identificado con una placa de plomo en la que figura su nombre.