Es el Centro Directivo al que le corresponden las propuestas de desarrollo normativo y de ordenación en materia sanitaria, farmacéutica y de salud pública y la elaboración y seguimiento del Plan Integral de Inspección de Sanidad de la Comunidad de Madrid, así como la tramitación de las solicitudes de autorización de los centros, servicios y establecimientos sanitarios, farmacéuticos, alimentarios y de sanidad ambiental. Del mismo modo, mantiene, actualiza y gestiona la inscripción de los centros que están en el ámbito de sus competencias en sus correspondientes Registros Oficiales.
La Consejería de Sanidad, a través de la Dirección General de Ordenación e Inspección, en colaboración con la Federación de Municipios de Madrid, ha organizado Seminarios de Formación para el conocimiento y práctica de la aplicación informática que sustenta el Sistema de Información Nacional de Agua de Consumo Humano (SINAC), cuyo objetivo es identificar la calidad del agua de consumo humano y su abastecimiento.
La colaboración entre la Inspección Farmacéutica de la Dirección General de Ordenación e Inspección de la Consejería de Sanidad y la Guardia Civil ha permitido desmantelar una red especializada en la falsificación de recetas del Sistema Nacional de Salud que estaban siendo utilizadas para conseguir medicamentos susceptibles de desviación hacia usos no terapéuticos.