El Real Decreto 1302/2006 recoge las líneas generales del procedimiento para la designación y acreditación de CSUR del Sistema Nacional de Salud, estableciendo que

las propuestas para iniciar el procedimiento para la designación de los CSUR se realizarán por el Ministerio de Sanidad, Servicios  Sociales e Igualdad o por las comunidades autónomas a través del Comité de designación de CSUR.

El procedimiento de designación de los CSUR se articula a través del Comité de Designación de CSUR. El Ministerio de Sanidad, Política Social e Igualdad, a través de la Agencia de Calidad del Sistema Nacional de Salud, acredita los centros, servicios y unidades que sean propuestos por el Comité de designación de CSUR, sin perjuicio de las competencias de las comunidades autónomas en esta materia.

La designación de CSUR se lleva a cabo mediante resolución del Ministerio de Sanidad, Política Social e Igualdad, previo acuerdo del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud, para un periodo máximo de cinco años. Antes de la finalización del período de validez de la resolución será preciso renovar la designación siempre que, previa reevaluación por la Agencia de Calidad del Sistema Nacional de Salud, se sigan cumpliendo los criterios que motivaron la designación.