Dispone de 549 camas de hospitalización, 18 puestos de hospital de día médico, 18 quirúrgicos y 30 puestos de hospital de día psiquiátricos. Tiene 153 locales de consultas, 14 quirófanos y 3 paritorios.
Es Hospital Universitario de la Facultad de Medicina de la Universidad de Alcalá de Henares (UA); comparte la docencia de grado con el HU. Ramón y Cajal y el HU. de Guadalajara. Es también hospital docente de la Escuela Universitaria de Enfermería y Fisioterapia de la UA.
Posee una Fundación para la Investigación Biomédica cuyo objetivo principal es el fomento y desarrollo de la investigación. Ofrece a los facultativos del hospital, incluyendo residentes, ayuda técnica y económica a proyectos de investigación, estancias en otros centros y premios a publicaciones y tesis doctorales.
La actividad científica y de investigación que se viene realizando en el HUPA se puede ver de forma más detallada en el Canal Investigación de esta web.