Su fundación se debe al alférez Francisco Palacios, quien expresó en su testamento el deseo de que fuera levantada una capilla en honor a la Asunción y a San Francisco en la actual basílica. Sin embargo su proyecto no pudo ser realizado y, tras una serie de avatares, a finales del siglo XVI se decidió edificar la capilla de San Francisco en la plaza a la que da nombre hoy día.

Aunque se desconoce el autor de la obra, algunos estudiosos apuntan hacia el entorno de Juan de Herrera y Francisco de Mora, basándose en su estructura y sus características estilísticas. Tiene una sola nave, con pilastras de ladrillo y muros de sillarejo. En el centro de la nave se encuentra la lápida sepulcral de su fundador con la inscripción: "Aquí están los huesos del Alférez Palacios, fundador de esta capilla. Falleció año 1578”.

Durante el proceso desamortizador fue adquirida por el Ayuntamiento, su actual propietario, quien la destinó sucesivamente a diversos usos, entre otros el de Hospital.