Fue construido en 1765 por orden de Carlos III para albergar a la orden franciscana en el Real Sitio de Aranjuez. El edificio, finalizado por Francisco Sabatini en 1770, tiene distintas influencias de la arquitectura italiana, con un lenguaje barroco tardío que se acerca notablemente al neoclasicismo.

Del conjunto destaca la iglesia, con planta de cruz latina y una única nave cubierta con bóveda de cañón con lunetos, a la que se abren dos capillas laterales. El crucero se remata con una cúpula con tambor sobre pechinas decoradas con frescos y molduraciones. En el presbiterio se alza un imponente retablo mayor junto a un altar de mármoles y bronces donde descansa un bello tabernáculo. El retablo, decorado con columnas toscanas de estuco imitando jaspe verde, está rematado por un frontón partido que alberga un magnífico lienzo de Antón Rafael Mengs que representa a San Pascual Baylón. En su origen contó con obras de diversos autores, entre ellos Giovanni Battista Tiepolo, muchas de cuyas pinturas se conservan actualmente en el Museo Nacional del Prado.

 En el exterior sobresale la imponente fachada de estilo neoclásico, cuya puerta de acceso está flanqueada por dobles columnas toscanas que se convierten en apilastrados con triglifos en el nivel de la ventana del coro. Remata la portada un frontón partido que sobresale entre las dos pequeñas torres laterales de perfil semicircular, sobre las que se apoya un campanario con estructura de hierro. La fábrica se muestra revocada, a excepción de basas y detalles escultóricos y ornamentales, los cuales están realizados en piedra de Colmenar. En el lado meridional de la iglesia se dispone el claustro, de planta rectangular y arquerías de medio punto realizadas en fábrica de ladrillo.