La catedral-magistral de los Santos Justo y Pastor es junto con la iglesia de San Pedro de Lovaina (Bélgica) el único templo del mundo que posee la denominación de magistral, utilizada para indicar que todos sus canónigos debían ser doctores en teología.

Fue levantada entre 1497 y 1514 sobre los cimientos de anteriores templos. El primero de ellos se remonta al siglo V, cuando Artúrico decidió erigir una capilla que acogiera los restos de los mártires Justo y Pastor. En el siglo XII, tras la reconquista cristiana, se construyó una nueva iglesia que sufriría sucesivas reformas y añadidos, hasta alcanzar la categoría de Colegiata a finales de siglo XV. Ya en tiempos del cardenal Cisneros se decidió sustituir el templo medieval por un nuevo edificio de estilo gótico tardío, labor que fue encomendada al arquitecto Pedro de Gumiel.

A pesar de sus grandes dimensiones, el templo se caracteriza por la sobriedad y austeridad de sus muros exteriores, en los que únicamente sobresalen la torre del campanario, obra de Rodrigo Gil de Hontañón, y la portada de la fachada occidental, de acentuado estilo isabelino. Adosado al muro meridional está el severo claustro herreriano del siglo XVII, con arquerías de medio punto entre pilastras de sillería.

El interior de la catedral tiene planta de cruz latina con tres naves cubiertas por bóvedas de crucería apoyadas sobre esbeltos pilares fasciculados. El ábside posee recios contrafuertes al exterior y una girola en la que se ubica la cripta de los santos Justo y Pastor. El altar mayor, obra gótica con tablas pintadas alusivas a la Pasión de Cristo, fue destruido tras un incendio ocurrido durante la Guerra Civil en el que también se perdió el coro, del que solo se han podido conservar las rejas.